Tổ yến có ba màu sắc khác nhau: trắng, vàng (hay còn gọi là vàng kim), và đỏ (đôi khi được gọi là yến “huyết”). Màu sắc của tổ yến ăn được có sự khác biệt đáng kể tùy theo nơi tổ được thu hoạch, dù là từ các hang động hay từ nhà yến. Trong các hang động, hai phần nhô ra của tổ nơi mà tổ yến bám vào vách hang thường có màu đỏ khi tổ còn tươi, nhưng sẽ chuyển sang nâu đậm theo thời gian sau khi được thu hoạch.

Một số người cho rằng yến sào có màu đỏ là do nước bọt của chim yến chứa lẫn máu, trong khi số khác lại tin rằng do chim yến ăn hạt sen, rong biển, hoặc động vật thân mềm làm nước bọt có màu đỏ. Nghiên cứu cho thấy màu đỏ của yến sào thực tế là do quá trình oxy hóa nitrat từ phân chim yến. Màu đỏ của yến sào có liên hệ mật thiết với hàm lượng nitrat và nitrit, khiến tổ yến từ hang động thường có màu hơi vàng đến đỏ hoặc đậm hơn so với tổ yến từ nhà yến, nơi có hàm lượng nitrat và nitrit thấp hơn.
Yến sào loại vàng và đỏ hiếm hơn vì chỉ có thể thu hoạch từ một số hang động nhất định ở khu vực Đông Nam Á. Nhiều người sành yến tin rằng các loại yến này giàu khoáng chất và chất lượng cao hơn, do đó có giá trị cao trên thị trường.

